COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 12.249618 8.666533 8.796784
2020-10-17 17:00:00 10.573331 8.398804 8.667721
2020-10-16 17:00:00 10.833099 10.833099 8.524522
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 8.355789
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 8.094825
2020-10-13 17:00:00 8.398804 8.398804 7.802098
2020-10-12 17:00:00 7.743634 7.743634 7.565482

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 10.940594 10.940594 9.689617
2020-10-17 17:00:00 9.284818 9.284818 9.464465
2020-10-16 17:00:00 8.286778 11.615008 9.218656
2020-10-15 17:00:00 10.712401 10.712401 8.953189
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 8.554059
2020-10-13 17:00:00 8.133705 8.133705 8.221475
2020-10-12 17:00:00 8.546384 8.546384 7.881613

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 5.052632 5.052632 3.322604
2020-10-17 17:00:00 5.121294 5.121294 3.105212
2020-10-16 17:00:00 5.107527 5.107527 2.903167
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 2.732443
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 2.568621
2020-10-13 17:00:00 0.666112 0.666112 2.347442
2020-10-12 17:00:00 8.461538 1.139896 2.188672

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 3.309291 3.309291 2.902611
2020-10-17 17:00:00 3.136470 3.136470 2.861383
2020-10-16 17:00:00 3.698332 3.698332 2.788387
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.684012
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.557413
2020-10-13 17:00:00 1.846412 1.846412 2.439904
2020-10-12 17:00:00 4.315961 4.315961 2.315303

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 13.948302 13.948302 10.149622
2020-10-17 17:00:00 12.340277 7.159111 9.976936
2020-10-16 17:00:00 11.115029 11.115029 9.886194
2020-10-15 17:00:00 10.156813 10.156813 9.793062
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 9.684010
2020-10-13 17:00:00 8.879877 8.879877 9.621439
2020-10-12 17:00:00 10.792305 10.792305 9.601693

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 8.804821 8.804821 7.707554
2020-10-17 17:00:00 11.120749 6.662040 7.647627
2020-10-16 17:00:00 9.324649 9.324649 7.517764
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 7.258261
2020-10-14 17:00:00 4.319572 5.927092 7.045222
2020-10-13 17:00:00 7.611607 7.611607 6.794891
2020-10-12 17:00:00 8.318934 8.318934 6.652458

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 14.622642 14.622642 8.886659
2020-10-17 17:00:00 11.337407 11.337407 8.545376
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 8.411424
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 8.035548
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 7.611038
2020-10-13 17:00:00 3.865717 3.865717 7.309298
2020-10-12 17:00:00 5.694981 5.694981 7.043763

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 6.861005 3.358914 4.803136
2020-10-17 17:00:00 4.297635 8.095122 4.711144
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.908923 4.622521
2020-10-15 17:00:00 4.837527 4.837527 4.529620
2020-10-14 17:00:00 4.918033 4.918033 4.447637
2020-10-13 17:00:00 4.715368 4.715368 4.335307
2020-10-12 17:00:00 3.105102 3.105102 4.203400

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 24.198823 24.198823 19.842019
2020-10-17 17:00:00 21.531323 21.531323 19.142960
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 18.615875
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 17.768213
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 17.034782
2020-10-13 17:00:00 16.635653 16.635653 16.291307
2020-10-12 17:00:00 25.375171 9.951846 15.689319

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 14.673967 14.673967 12.093213
2020-10-17 17:00:00 14.985656 14.985656 11.719525
2020-10-16 17:00:00 12.834253 12.834253 11.216345
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 10.740251
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 10.120605
2020-10-13 17:00:00 9.446340 9.446340 9.535786
2020-10-12 17:00:00 7.310924 7.310924 8.866325

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 12.274368 7.099880 8.866662
2020-10-17 17:00:00 9.909910 9.909910 8.734339
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 8.479127
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 8.270266
2020-10-14 17:00:00 9.341587 9.341587 7.997184
2020-10-13 17:00:00 9.172260 9.172260 7.699963
2020-10-12 17:00:00 7.889126 7.889126 7.278094

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 2.681231 5.113636 5.293271
2020-10-17 17:00:00 6.863780 5.142857 5.107160
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 4.943606
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.714286 4.713754
2020-10-14 17:00:00 5.056180 5.056180 4.434600
2020-10-13 17:00:00 9.333333 9.333333 4.120849
2020-10-12 17:00:00 1.678657 1.678657 3.772039

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 17.082917 17.082917 13.641508
2020-10-17 17:00:00 16.298633 16.298633 13.208023
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 12.878768
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 12.225260
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 11.680765
2020-10-13 17:00:00 7.943925 7.943925 11.086759
2020-10-12 17:00:00 8.823529 8.823529 10.582782

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 16.551724 16.551724 10.525733
2020-10-17 17:00:00 13.804714 13.804714 10.204145
2020-10-16 17:00:00 18.137255 7.107843 9.960084
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 9.691779
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 9.466634
2020-10-13 17:00:00 9.427609 9.427609 9.252547
2020-10-12 17:00:00 3.125000 9.462366 9.176849

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 16.322674 16.322674 14.891379
2020-10-17 17:00:00 21.255194 21.255194 14.350478
2020-10-16 17:00:00 20.732323 20.732323 14.014407
2020-10-15 17:00:00 13.579598 6.559748 13.612534
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 13.163839
2020-10-13 17:00:00 17.390012 17.390012 12.662357
2020-10-12 17:00:00 9.997798 9.997798 12.327675

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 14.346997 14.346997 8.190017
2020-10-17 17:00:00 9.618027 9.618027 7.859175
2020-10-16 17:00:00 7.819136 7.819136 7.645730
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 7.496823
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.295126
2020-10-13 17:00:00 4.245283 5.214368 6.991727
2020-10-12 17:00:00 8.143154 4.664983 6.786955

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 12.150026 7.290016 6.382607
2020-10-17 17:00:00 4.765396 4.765396 6.562642
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 6.640334
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.583543 6.766204
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 6.833026
2020-10-13 17:00:00 7.343312 6.080449 6.762577
2020-10-12 17:00:00 9.772727 9.772727 6.788594

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 12.356257 12.356257 8.404101
2020-10-17 17:00:00 9.335692 9.335692 8.151216
2020-10-16 17:00:00 11.123941 6.735951 7.887317
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 7.616246
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 7.363093
2020-10-13 17:00:00 6.416907 6.416907 7.066862
2020-10-12 17:00:00 12.552654 6.657730 6.747419

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 10.087963 6.435809 7.473592
2020-10-17 17:00:00 9.533623 6.236443 7.461893
2020-10-16 17:00:00 10.033223 10.033223 7.426808
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 7.345444
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 7.203205
2020-10-13 17:00:00 8.897127 8.897127 7.049871
2020-10-12 17:00:00 7.470343 7.470343 6.907789

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 17.937466 9.489852 8.177811
2020-10-17 17:00:00 9.990253 7.212476 8.227719
2020-10-16 17:00:00 13.561644 10.239726 8.278775
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.527976 8.194520
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 8.073191
2020-10-13 17:00:00 9.791217 9.791217 7.873909
2020-10-12 17:00:00 6.687754 6.687754 7.790801

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 28.627451 13.725490 19.517295
2020-10-17 17:00:00 31.075697 14.741036 20.075909
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 20.107094
2020-10-15 17:00:00 29.130435 29.130435 19.853782
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 19.412277
2020-10-13 17:00:00 18.232044 18.232044 18.928203
2020-10-12 17:00:00 21.333333 21.333333 18.460538

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-18 17:00:00 21.396095 21.396095 14.309102
2020-10-17 17:00:00 16.702633 16.702633 13.769159
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 13.342562
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 12.683655
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 11.894725
2020-10-13 17:00:00 26.766004 26.766004 11.274398
2020-10-12 17:00:00 13.104275 13.104275 10.813666

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.940594 10.940594 9.689617
Basilicata 5.052632 5.052632 3.322604
Calabria 3.309291 3.309291 2.902611
Campania 13.948302 13.948302 10.149622
Emilia-Romagna 8.804821 8.804821 7.707554
Friuli Venezia Giulia 14.622642 14.622642 8.886659
Lazio 6.861005 3.358914 4.803136
Liguria 24.198823 24.198823 19.842019
Lombardia 14.673967 14.673967 12.093213
Marche 12.274368 7.099880 8.866662
Molise 2.681231 5.113636 5.293271
P.A. Bolzano 17.082917 17.082917 13.641508
P.A. Trento 16.551724 16.551724 10.525733
Piemonte 16.322674 16.322674 14.891379
Puglia 14.346997 14.346997 8.190017
Sardegna 12.150026 7.290016 6.382607
Sicilia 12.356257 12.356257 8.404101
Toscana 10.087963 6.435809 7.473592
Umbria 17.937466 9.489852 8.177811
Valle d'Aosta 28.627451 13.725490 19.517295
Veneto 21.396095 21.396095 14.309102

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun Oct 18 17:55:53 2020 revision 60, 5711306